Background check: Mutational input to size variation depends on ancestor's breeding value
本論文は、同じ自然集団内の異なる遺伝子型（祖先の形質値）によって、形質に対する突然変異の分散や方向性（サイズ減少への偏り）が著しく異なることを実証し、多遺伝子形質の進化において遺伝子型特異的な突然変異入力が決定的な役割を果たすことを示した。
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evolutionary biology
448 件の論文
Inferring somatic mutation dynamics from genomic variation across branches within long-lived tropical trees
本研究は、東南アジアの熱帯林を支配する高木（ドリアン科）の枝先から得たゲノムデータと数学モデルを組み合わせ、茎細胞の動態を考慮することで、熱帯樹木における体細胞突然変異の蓄積メカニズムと幹細胞の動態を解明した。
Comparative Genomic Insights into the Evolution of Aquatic and Terrestrial Adaptations in Plants
本論文は、水生植物と陸生植物の 8 種および 4 種における相同遺伝子に対する選択圧を比較解析し、水生植物が栄養吸収の緩和と酸化ストレスへの適応を示す一方、陸生植物は環境感知に関連し、両者で葉緑体タンパク質の進化が異なることを明らかにした。
Evidence of a predator-prey co-evolutionary arms race within a nematode microhabitat
この論文は、Pristionchus pacificus と Oscheius myriophilus の捕食関係が自然環境で研究可能であることを示し、捕食圧に対する O. myriophilus の抵抗性や、子孫の保護と母体資源の提供を兼ねた特殊な繁殖戦略の進化など、捕食者 - 被食者の共進化の証拠を明らかにしたものである。
Quaternary climatic changes and biogeographic barriers drove codiversification in the obligate mutualism between Camponotus laevigatus and its endosymbiont Blochmaniella.
この論文は、カリフォルニアのハネカクシアリ（Camponotus laevigatus）とその共生菌（Blochmaniella）の全ゲノム配列解析を通じて、第四紀の気候変動とカリフォルニア中央渓谷という地理的障壁が、宿主と共生菌の集団遺伝的構造および共進化を駆動したことを明らかにしたものである。
k-Nearest Common Leaves algorithm for phylogenetic tree completion
この論文は、異なる分類群を持つ系統樹を比較する際に枝長とトポロジーを保存して補完する新たなアルゴリズム「k-Nearest Common Leaves (k-NCL)」を提案し、生物データを用いた実験により、既存の補完手法よりも系統樹クラスタリングの性能が向上することを示しています。
Contrasting effects of geographic distance, environmental distance, and intraspecific diversity on the performance of a marine invertebrate in common gardens
この研究は、オオハマグリ（Eastern oyster）の移植成功を予測する上で、「地元の個体が最適」「種内多様性の最大化」「環境距離の最小化」といういずれの単一の枠組みも信頼性を持って機能せず、効果的な管理戦略にはゲノム情報と環境証拠の統合が必要であることを示しています。
On the causes of correlated genomic ancestry across contrasting hybridization histories in a monkeyflower species pair.
この研究は、ミモザ属（ミムルス）の 2 種における雑種祖先率の変異が、地理的距離や移動、平行選択、多遺伝子性の選択など、生態・個体群動態・ゲノム特性の複雑な相互作用によって形成されることを明らかにしたものである。
First paleoproteomics evidence of Panicum miliaceum consumption in human dental calculus
この研究は、歯石の古タンパク質解析と既存のオープンアクセスデータ再分析を通じて、イネ科の雑穀であるキビ（Panicum miliaceum）の消費を直接証明する初の証拠を提示し、そのユーラシア大陸への拡散時期と経路に関する従来の理解を大きく修正した。
The Neanderthal population history and the introgression landscape inferred from the UK Biobank
UK バイオバンクの 45,000 人のゲノムデータを解析することで、ネアンデルタール人の遺伝子導入の全体的なパターンや分岐年代、有効集団サイズを推定し、自然選択の痕跡や現代人固有の適応に関わる領域を特定しました。
Convergent natural selection at both ends of Eurasia during parallel radical lifestyle shifts in the last ten millennia
東ユーラシアの古代 DNA 解析により、過去 1 万年の食糧生産への移行に伴う生活様式の変化に対し、西ユーラシアと並行して免疫や代謝関連の形質で収束進化が起きた一方、皮膚色の軽量化は東アジアではその以前に主に起こったことが示されました。
Global whole-genome phylogenomics of Nakaseomyces glabratus reveals admixture and refines sequence type-based classification
本論文は、548 株の全ゲノム配列解析を通じて、*Nakaseomyces glabratus* の系統分類において多遺伝子型（MLST）に基づく分類が依然として有効である一方で、全ゲノムシーケンシング（WGS）を用いることで交雑や染色体数異常などの高解像度なゲノム変異を明らかにし、両者を統合した実用的な分類体系を提案するものである。
Novel mechanisms of chemosensory adaptation to the cave environment
この論文は、視覚を失ったメキシコメダカの洞穴魚が、嗅覚受容体遺伝子の増加や神経数の増加ではなく、嗅上皮の運動性繊毛の増加と嗅腔内の水流速度低下という生理学的適応を通じて、視覚魚よりも優れた嗅覚能力を獲得したことを明らかにしています。
When can fitness epistasis be ignored in a polygenic trait at equilibrium?
この論文は、拡散理論を用いて多遺伝子形質における平衡状態の対立遺伝子頻度分布を解析し、形質量や遺伝的分散といった表現型量はエピスタシスを無視して正確に記述できる一方で、対立遺伝子頻度分布そのものにはエピスタシスの影響が強く現れ、対立遺伝子効果の大きさによって分布が一峰性から二峰性へと遷移することを明らかにしたものである。
Eukaryote-to-eukaryote gene transfer pervades the genome evolution of Rhizaria
本論文は、機械学習や系統解析を用いてリザリア類のゲノムを調査した結果、原核生物由来だけでなく、他の真核生物からの遺伝子水平伝達がゲノム進化において広範かつ重要な役割を果たしていることを明らかにしたものである。
Diptera flight diversity is shaped by aerodynamic constraints, scaling, and evolutionary trade-offs
本論文は、ハエ（双翅目）の 133 種を対象とした形態・運動・空力解析を通じて、飛行の多様性が物理的な制約、スケーリング則、そして交尾時の音響シグナリングに代表される進化的トレードオフによって形成されていることを明らかにしました。
Insecticide alters the evolution of glyphosate resistance in Ipomoea purpurea
この論文は、昆虫殺虫剤への曝露がイヌビエ（Ipomoea purpurea）におけるグリホサート耐性の進化に影響を与え、耐性レベルを高めつつ選択圧を弱めることで、除草剤耐性の進化が二次的なストレス要因の文脈に依存して変容することを示している。
Stepwise origin and evolution of a cryptic antimicrobial peptide in mammalian lactoferrin
本研究は、古代哺乳類の祖先タンパク質を再構築する手法を用いて、哺乳類のラクトフェリンに埋め込まれたクリプティックな抗菌ペプチド「ラクトフェリシン」が、陽性荷電と疎水性アミノ酸の段階的な蓄積を経て膜破壊能を獲得し、その後霊長類の進化過程で自然選択により抗菌活性がさらに強化されてきたことを明らかにしました。
Phylo-Movies: Animating Phylogenetic Trees from Sliding-Window Analyses
Phylo-Movies は、複数の配列アライメントのスライディングウィンドウ解析から得られる連続する系統樹の位相的変化を解釈可能な部分ツリーの移動として分解し、アニメーションで可視化するブラウザおよびスタンドアロンツールであり、ノロウイルスの組換え断点の特定やブートストラップ反復におけるロギータックスの検出に有用である。
The fate of mutations on Y chromosomes andautosomes: a unified Wright-Fisher frameworkaccounting for segregation time
この論文は、Y 染色体と常染色体の両方を統一的な Wright-Fisher モデルに組み込み、拡散近似と数値解析を用いて、固定確率だけでなく分離時間という重要な要素も考慮した上で、両染色体における変異の運命を包括的に解明する枠組みを提案しています。